Elementy spektrometru AMS są rozstawione
wzdłuż boków kwadratu o rozmiarach 5x5m. W całości, tworzą jedną komorę
wysoko-próżniową o długości ok. 15m.
W celu określenia stosunków izotopowych węgla (14C/12C i 14C/13C), spektrometr AMS jednocześnie mierzy liczbę atomów 12C, 13C i 14C uwolnionych z katody, która wcześniej została wyprodukowana z badanej próbki.
Spektrometr AMS wytwarza jony węgla w źródle jonów i wstrzykuje je do
akceleratora. Aby uniknąć wpływu innych jonów zaburzających pracę
akceleratora, jony o pożądanej masie są wyseparowywane przez magnes
wstrzykujący. Wstrzyknięte jony węgla (12C-, 13C- i 14C-)
są przyciągane w kierunku terminalu akceleratora (naładowanego do
potencjału +500,000V), w terminalu zmieniają ładunek elektryczny (na 12C+, 13C+ i 14C+), i dalej są wypychane w kierunku magnesu analizującego. Magnes ten kieruje jony 12C+ i 13C+ na specjalne przyrządy wewnątrz komory dryfu, pozwalające mierzyć prąd elektryczny obu rodzajów jonów. Jony 14C+, po przejściu przez analizator elektrostatyczny, trafiają do detektora umożliwiającego ich zliczanie.
Wszystkie istotne części i parametry pracy spektrometru są kontrolowane przez komputer i mogą być sterowane z konsoli.